Depuis sa découverte, l'Île-aux-Oeufs porte son nom évocateur en raison de l'abondante présence d'oiseaux aquatiques nicheurs et, par conséquent, de la multitude de nids d'oiseaux avec des oeufs présents sur les rochers de l'île.  Il semble que l'Île-aux-Oeufs présente, depuis très longtemps, des conditions favorables à l'établissement et à la nidification d'oiseaux aquatiques (Ministère des communications,1984 et Commission de toponymie du Québec, 2008).

L'Île-aux-Oeufs est reconnue comme un "site d'importance pour la nidification des oiseaux aquatiques" par le Service Canadien de la Faune (SCF) et aussi, à titre d'habitat faunique par le Ministère des Ressources naturelles et de la Faune (MRNF). Propriétée de la Garde côtière canadienne, l'île se compose d'un ensemble de rochers, servant principalement d'abri aux couples d'oiseaux de mers qui viennent y déposer et couver des oeufs en abondance chaque année. Selon l'inventaire réalisé par le Service Canadien de la Faune (SCF), plusieurs espèces d'oiseaux aquatiques utilisent l'île et ses récifs comme habitat et lieu de nidification.

Selon la Société Duvetnor, l'Eider à duvet est l'espèce la plus abondante avec environ 2 200 couples présents sur l'île en ce qui a trait à la nidification. Cela fait de l'île, la quatrième colo/nie d'importance d'Eider à duvet dans l'Estuaire du Saint-Laurent. Au sud de l'île, il y aurait au printemps près de 1 000 nids d'eiders, alors que la colonie d'eider située du côté nord de l'île serait d'environ 200 nids. Plusieurs autres espèces d'oiseaux aquatiques utilisent l'île, dont deux importantes colonies de Cormoran à aigrettes, lesquels nichent dans la portion forestière au nord-est de l'île. Ces derniers s'alimentent de poissons à proximité et ont un vif impact sur la végétation du milieu en raison de l'acidité de leurs déjections.

« Aussi les oiseaux de mer, palmipèdes et échassiers,  y venaient en grand nombre et les oeufs s'y trouvaient en abondance.  Voilà, sans aucun doute, ce qui explique le nom donné à l'île. » Damase Potvin, Le Saint-Laurent et ses îles.

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« L’Eider à duvet niche surtout sur de petites îles marines au large ou sur des flèches littorales et des pointes isolées, où il n’y a pas de mammifères prédateurs. Dans les quelques semaines suivant l’arrivée dans les aires de nidification, les oiseaux effectuent des vols de prospection et des visites afin de choisir un endroit convenable pour nicher. Souvent, les femelles utilisent le même site de nidification pendant plusieurs années. Elles nichent au début de l’été en colonies denses comptant des dizaines d’individus, voire 10 000 ou plus. Il n’y a qu’une couvée par saison. Seule la femelle prépare le nid. La femelle commence à pondre quelques jours après que le nid est prêt. Il y a en général quatre ou cinq oeufs par nid et elle pond habituellement un oeuf par jour. Après que le deuxième ou le troisième oeuf a été pondu, la femelle tapisse son nid de duvet qu’elle arrache de son propre corps. Une fois que le dernier oeuf est pondu, elle les couve tous de façon continue, ne laissant le nid que lorsqu’elle est dérangée ou pendant de courtes périodes tous les deux ou trois jours pour aller boire. »  Site internet de la Fédération canadienne de la Faune, L'Eider-à-duvet.

Autour de l'île et les récifs environnants, on retrouve de grands échassiers, tels que le Grand héron et le Bihoreau à couronne noire qui se nourissent entre autres de petits poissons.  En outre, il y aurait deux espèces de goélands, le argenté et le marin, qui nicheraient aussi sur l'île.  En plus d'offrir des conditions adéquates à la nidification, l'Île-aux-Oeufs constitue un site d'alimentation et de repos pour plusieurs espèces d'oiseaux brouteurs, telle la Bernache du Canada, qui font une halte à l'île.  

D'autre part, plusieurs canards plongeurs, tels que la Macreuse à front blanc, la Macreuse noire, le Garrot à oeil d'or, le Grand harle, le Harle huppé et le Fuligule à collier utilisent l'île et ses récifs pour s'y alimenter, tout comme le Canard noir, le Bihoreau gris et le Plongeon Huard.​

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